まぁ、そりゃそうだわなって愚痴。
今の上司の尻拭いのための実験を4月からはじめたんだけど、これがまぁ知ってたけど上の方に話が通ってなかったので当然問題となって、本人、説明を求められたっていう話。
事情も知ってたけど、それはもう1年も前に発覚してたし、こりゃこのままじゃ、駄目なんじゃない?っていうのは2年も前から明確だった訳。なんとかしなくちゃいけないのは当の本人な訳。泣きつかれた僕はその全部を既に指摘してた訳だから、まぁなんとかしてくれっと。あと何は無くても資金、金を取って来いと。
指摘したの、全部、放置だったんだよね、結局。今の今まで。
良い人だけど、正直、足りない。酔っぱらうと「俺はこれだけやってる。」って最後によくキレるけど、全然やれてないんだよなぁ...
まぁ乗りかかった船なんで、良い方向に人の心を動かすような知恵を貸すつもり。
こんなばっかだよなぁ、ホント。うちの会社、僕にどれだけ貸しを作るつもりなんだろう?
実験の話ついでに最近PCRのプライマーと戦ってた。
戦うといってもPCRが走らないとかそういうんじゃなくって、プライマーの出来が殊の外イマイチで。プライマーの配列がどうも変というか、ポコポコ違ったモノが混じってるというか。ちょっと長いのも原因かもしれない。こういう時、いつもクレームか?って考えるけど、出したことない。難しいのよね、その辺。よく考えると。
作り直してもみたんだけど、やっぱり正しいプライマーはシークエンス読んでみれば5割くらい。
頭きたので、PCRかけまくって、平滑末端ライゲーションでガツガツ入れまくって、シークエンスを読みまくった。プライマーが間違ってるのを片っ端から弾いて、なんとか当たりを拾った。
最近のお気に入りは、Aが付かないKOD+とかでPCRして、脱リンしない平滑末端サイトにそのままライゲーションする方法。TAクローニング?しないよ。金無いから。
ベクター側にリンが残ってるから、フラグメントにリンが付いてなくても良いかなって。フラグメント多めに入ってればあとは超能力で入るはずっていう理論で。
バカバカ入るし、何か間違ってることしてるとは思えないので、これで良いかなっと。
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コメント
上司ってkbysさん?それともkm?あるいはその間?
オリゴはできれば30merくらいまでにして下さい。99%以上のカップリング効率でも長くなると確実にエラーが入るから。たくさん拾って当たりを選ぶっていうのは正解。あまりに出来が悪そうならマキサム・ギルバート法で配列を確認してください。
blunt ligationなら僕に相談してください。ほとんどそのやり方しかやっていません。それでも2-3割は入るよ。インサート側をモル比で100倍くらい入れて下さい。1000倍くらい入れると逆効果。逆向きも半分くらいあるけどね。
明日の委員会巡視を楽しみにしていますよ。普段どおりでお願いします。そちらの部署の巡視に僕も立ち会いたいくらい。
投稿: ぜな | 2009年7月 1日 (水) 22時44分
ども。名前は出すなって。そこはノーコメントさ。
ライゲーションはそそそんな感じです。プライマー、最近、ボロボロなんだよ。僕だけじゃないっぽいです。前は長いのもそんなに悪く無かったんだけど。リン酸化修飾してたりするとホント泣けます。
巡視?そんなのキックだよ。急に言われてもそんなの都合つかない。暇じゃないし。
まず、僕の予定に合わせろよって。
投稿: k2o | 2009年7月 3日 (金) 00時36分